El CCT San Juan está constituido por las siguientes Unidades Ejecutoras y de Servicio

CIGEOBIO (Ciencias Exactas y Naturales)
CENTRO DE INVESTIGACIONES DE LA GEOSFERA Y BIOSFERA (CONICET-UNSJ)
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ICATE (Ciencias Exactas y Naturales)
INSTITUTO DE CIENCIAS ASTRONÓMICAS, DE LA TIERRA Y DEL ESPACIO (CONICET-UNSJ)
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IEE (Ciencias Agrarias, de la Ingeniería y de Materiales)
INSTITUTO DE ENERGÍA ELÉCTRICA (CONICET-UNSJ)
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INAUT (Ciencias Agrarias, de la Ingeniería y de Materiales)
INSTITUTO DE AUTOMÁTICA (CONICET-UNSJ)
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CASLEO – Centro de Servicio (Ciencias Exactas y Naturales)
COMPLEJO ASTRONOMICO “EL LEONCITO” (CONICET-UNLP-UNC-UNSJ)
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